A detecção da microbiota intestinal pelo sistema imunológico desempenha papéis significativos na manutenção da homeostase intestinal e na indução de respostas protetoras sistêmicas. Assim, a manipulação da microbiota intestinal é uma abordagem alternativa em potencial para manter a saúde, prevenir e tratar doenças.
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Foram identificados diversos efeitos benéficos dos probióticos no sistema de defesa da mucosa intestinal como: Bloqueio dos efeitos bacterianos patogênicos e aumento da imunidade inata a partir da modulação da inflamação induzida pelos patógenos.